Grupo GEN opera dos puertos propios sobre la Hidrovía Paraná-Paraguay: Puerto Bahía Negra y Puerto Villeta. Son la salida logística de la producción forestal, minera y agroindustrial del grupo en Paraguay, y el nexo con la flota fluvial de Viagen S.A. Su ubicación sobre uno de los corredores de carga más activos de Sudamérica es un activo diferencial del holding en la región.